OPTIMASI ENZIM RETRIKSI (ECORI, HINDIII, TASI) DALAM METODE CAPS (CLEAVED AMPLIFIED POLYMORPHICS SEQUENCE) DENGAN MENGGUNAKAN MARKA MTSSR UNTUK IDENTIFIKASI GENETIK POPULASI JERUK F1 HASIL FUSI PROTOPLASMA

Abstract

Marka molekuler merupakan alat efektif untuk mendeteksi keberhasilan hasil fusi protoplasma antara jeruk siam madu dan satsuma mandarin berdasarkan variasi genetik, yang tidak dipengaruhi lingkungan. Sehingga metode ini digunakan untuk mendeteksi adanya variasi mitokondria pada tanaman hasil fusi protoplasma menggunakan metode CAPS (Cleaved Amplified Polymorphism Sequences) dengan dibantu enzim retriksi(ecoRI, hindIII, dan tasI). Analisis efektifitas waktu inkubasi mempengaruhi hasil informasi genetik yang didapatkan, oleh karena itu diperlukan percobaan untuk analisis efektifitas dari waktu inkubasi. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh informasi kombinasi dari primer dan enzim retriksi yang paling tepat berdasarkan waktu inkubasi tertentu yang memunculkan frekuensi pola fragmen yang polimorfis pada tanaman sampel baik parentalnya maupun F1 hasil fusi protoplasmanya berdasarkan penanda molekuler mitokondria (mtSSR) dengan metode CAPS. Penelitian dilaksanakan pada bulan April-Juni 2013 di laboratorium pemuliaan Balai Penelitian Tanaman Jeruk dan Buah Subtropika (BALITJESTRO) Tlekung, Kecamatan Junrejo, Kota Batu. Penelitian menggunakan metode kualitatif dengan menganalisis hasil visualisasi DNA tanaman yang diberi perlakuan. Parameter yang diamati meliputi waktu inkubasi, jumlah dari frekuensi band yang polimorfis berdasarkan tipe enzim retriksi dan tipe primer, informasi, identifikasi penurunan sifat berdasarkan visualisasi DNA parental dan F1 hasil fusi protoplasma. Hasil terbaik adalah kombinasi antara enzim retriksi tasI dengan primer 18S_rRNA_F/R dan primer nad 1 exon C/B, hal ini dikarenakan konsistensinya memunculkan pola fragmen DNA sampel dengan baik pada kedua pasangan primer pada perlakuan T1(3 jam) dan T2(6 jam), hasil analisis visualisasi antara tanaman parental dan F1 jeruk menunjukkan bahwa pola fragmen DNA mitokondria tanaman parental identik dengan fragmen DNA mitokondria tanaman F1 jeruk hasil fusi protoplasma.

Kata kunci : enzim retriksi, marka molekuler, metode CAPS, jeruk